Europe médiévale. Les humains vivent une époque bien sombre, dans la terreur de leurs prédateurs, les Youma, des monstres anthropophages capables de se dissimuler au sein même de la population. L'humanité, impuissante, ne trouve de réconfort que dans la prière et le soutien de l'Eglise pour tenter d'éradiquer ce fléau. Malheureusement, les crimes se multipliant, quelques courageux se résignent en dernier recours à faire appel à la redoutable organisation Claymore, qui regroupe des êtres hybrides mi-femmes, mi-démons, aux pouvoirs prodigieux. C'est ainsi que Raki, jeune survivant des massacres, se joint aux côtés de Claire, une Claymore aussi belle que dangereuse, dans une quête pour la survie des hommes.